Điểm khác nhau đáng chú ý nhất giữa vi khuẩn thật sự (Eubacteria) và vi khuẩn cổ (Archaebacteria) là các môi trường mà chúng có thể sinh sống. Vi khuẩn thật sự chiếm phần lớn trong vi khuẩn mà con người có thể tiếp xúc. Những vi khuẩn sống trong hay xung quanh con người, như Escherichia coli và các loài từ chi Salmonella, là vi khuẩn thật sự. Vi khuẩn cổ sinh sống trong các môi trường khắc nghiệt hơn, chẳng hạn trong các suối nước nóng có độ axít cao hay tại các độ sâu hàng dặm dưới lớp băng Bắc cực. Các nhóm này sau đó đã được đổi tên thành Bacteria và Archaea.